aws ec2 describe-instances --filter "Name=instance-state-name,Values=running"

EC2のinstance-state-nameのValueは以下があります。
「running」「pending」「shutting-down」「terminated」「stopping」「stopped」

アスタリスクでワイルドカード検索ができます。

aws ec2 describe-subnets --filters "Name=cidr-block,Values=192.168.*"

filterで、AND検索は、複数フィルター条件をスペースで並べます。

aws ec2 describe-instances --filter "Name=instance-state-name,Values=running" "Name=instance-type,Values=m3.xlarge"

Valuesにカンマ区切りでインスタンスIDを指定

aws ec2 describe-instances --filter "Name=instance-state-name,Values=running,stopped"

EC2のinstance-state-nameのValueは以下があります。
「running」「pending」「shutting-down」「terminated」「stopping」「stopped」