各アカウントがTransitGateway経由で、IPでは通信できていること。

参考：[重要] AWS Transit Gateway(TGW)を別アカウントに共有

DNS管理をするアカウントを作成し、そこでリゾルバルールを作成します。
他のアカウントには、リゾルバールールを共有することで、DNSマルチアカウント環境で DNS 管理が一元化します。

Route 53 Resolverでマルチアカウント環境の DNS 管理を簡素化する | Amazon Web Services ブログ

DNSの名前解決を集中管理する「DNS-VPC」を作成する。

DNS クエリをオンプレミス DNS に転送する

・【NWアカウント】において、「Route53」→「リゾルバー/アウトバウンドエンドポイント」へ移動します。

・「アウトバウンドエンドポイントの作成」をクリックし、以下を入力します。
　・エンドポイント名　：　※任意のエンドポイント名
　・当該リージョンの VPC ：　※作成された「DNS-VPC」
　・このエンドポイントのセキュリティグループ　：　※「NW-SG-dns」
　・エンドポイントのタイプ　： IPv4
　・IP アドレス #1
　　・アベイラビリティーゾーン　：　ap-northeast-1a
　　・サブネット　：　「NW-subnet-private-01-a」を選択
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.1.12
　・IP アドレス #2
　　・アベイラビリティーゾーン　：　ap-northeast-1c
　　・サブネット　：　「NW-subnet-private-02-c」を選択
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.2.12

オンプレミスのワークロードや他の AWS アカウントから転送された DNS クエリを受信する

・【NWアカウント】において、「Route53」→「リゾルバー/インバウンドエンドポイント」へ移動します。

・「インバウンドエンドポイントの作成」をクリックし、以下を入力します。
　・エンドポイント名　：　任意のエンドポイント名
　・当該リージョンの VPC ：　「DNS-VPC」を選択
　・このエンドポイントのセキュリティグループ　：　「NW-SG-dns」を選択
　・エンドポイントのタイプ　： IPv4
　・IP アドレス #1
　　・アベイラビリティーゾーン　：　ap-northeast-1a
　　・サブネット　：　「NW-subnet-private-01-a」を選択
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.1.11
　・IP アドレス #2
　　・アベイラビリティーゾーン　：　ap-northeast-1c
　　・サブネット　：　「NW-subnet-private-02-c」を選択
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.2.11

・【Central DNS アカウント】において、「Route53」→「リゾルバー/ルール」へ移動します。

・「ルールの作成」をクリックし、以下を入力します。
　・名前　：　onprem-private ※任意の名前※
　・ルールタイプ　：　「転送」になっていることを確認　
　・ドメイン名　：　onprem.private
　・アウトバウンドエンドポイント　：　※先ほど作成したアウトバウンドエンドポイントを選択※
　・ターゲット IP アドレス
　　・IPv4 アドレス　：　192.168.1.10　※オンプレDNSサーバのIPアドレス※

今回、acc1.awscloud.privateもacc2.awscloud.privateもawscloud.privateに含まれているため、１つでよい。
別々に設定するでもよい。

・【Central DNS アカウント】において、「Route53」→「リゾルバー/ルール」へ移動します。

・「ルールの作成」をクリックし、以下を入力します。
　・名前　：　awscloud-private ※任意の名前※
　・ルールタイプ　：　「転送」になっていることを確認　
　・ドメイン名　：　awscloud.private
　・アウトバウンドエンドポイント　：　※先ほど作成したアウトバウンドエンドポイントを選択※
　・ターゲット IP アドレス
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.1.11　※作成したインバウンドエンドポイントのIPアドレス※
　　・IPv4 アドレス　：　172.27.2.11　※作成したインバウンドエンドポイントのIPアドレス※

・【Central DNS アカウント】において、「Route53」→「リゾルバー/ルール」へ移動します。
作成をした「onprem.private」のルールをクリックします。

・「VPCを関連付ける」をクリックし、以下を入力します。
　・このルールを使用する VPC : DNS-VPC

転送ルールをResource Access Managerを利用して、参加アカウントに共有をします。

・【Central DNS アカウント】において、「Resource Access Manager」→「自分が共有/リソースの共有」へ移動します。

・「リソースの共有を作成」をクリックし以下を入力します。
　リソース共有の詳細を指定
　　・Name　：　※任意の名前で問題ありません。※
　　・リソースタイプ　：　リゾルバルール
　　　・表示された「オンプレミス環境ドメイン(onprem.private)の転送ルール」と「AWS環境ドメイン(awscloud.private)の転送ルール」の2つを選択します。
　プリンシパルにアクセス権限を付与する
　　・プリンシパルタイプの選択　：　AWSアカウント　※【Account #1】※

• AWS Resource Access Manager からの共有ルールに同意します。
  • ルールが AWS 組織と共有されている場合、このステップは不要です。

・【Account #1】において、「ResouceAccessManager」→「自分と共有/リソースの共有」をクリックします。

・NWアカウントより共有された「転送ルール」を選択し、「リソース共有を承認」をクリックします。

・「Route53」→「ホストゾーン」をクリックします。

・「ホストゾーンの作成」をクリックし、以下を入力します。
　ホストゾーン設定
　　・ドメイン名　： acc1.awscloud.private
　　・タイプ　：　プライベートホストゾーン

　ホストゾーンに関連付ける VPC 
　　・リージョン　：　アジアパシフィック（東京）
　　・VPC ID　：　WL1-vpc01

• プライベートホストゾーンを所有するアカウントから共有設定

aws route53 create-vpc-association-authorization --hosted-zone-id <hosted-zone-id> --vpc VPCRegion=<region>,VPCId=<central-dns-vpc-id>

• 共有設定の確認

aws route53 list-vpc-with-hosted-zone --hosted-zone-id <hosted-zone-id>

• DNS-VPC を所有するアカウントが承認
• 参加している各アカウントのホストゾーンに DNS-VPC を関連付けます。

aws route53 associate-vpc-with-hosted-zone --hosted-zone-id <hosted-zone-id> --vpc VPCRegion=<region>,VPCId=<central-dns-vpc-id> 

• 【やってみた】Route 53 Resolverを使ったマルチアカウントにおけるプライベートドメインの名前解決基盤実装 - サーバーワークスエンジニアブログ