VPC内のEC2などから、S3へのアクセスは、インターネット経由になりますが、
S3のGateway型VPCエンドポイントを作成しますと、インターネット経由ではなく、プライベートサブネット内からアクスセスできるようになります。

• Gateway型のS3 VPC Endpoint経由でのアクセスは、同じリージョンのみ可能です。

• VPC内に特別なエンドポイントを作成します。
• ルートテーブルでS3へアクセスする場合、VPCエンドポイントへ向けるようにします。

• VPCダッシュボードを開く
• 「エンドポイント」を選択
• 「エンドポイントの作成」を選択

Gateway型のS3 VPC Endpoint経由でアクセスする場合「--region リージョン」指定が必要です。

aws s3 ls --region ap-northeast-1 s3://＜バケット名＞/ 

VPC エンドポイントからのみに制限する Amazon S3 のバケットポリシー

• S3へのアクセスをVPCエンドポイント経由のみに制限する – TechHarmony
• VPCエンドポイント経由のみ許可するバケットポリシー - Qiita

{
  "Id": "VPCe",
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Sid": "VPCe",
      "Action": "s3:*",
      "Effect": "Deny",
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::<<S3-BUCKET-NAME>>",
        "arn:aws:s3:::<<S3-BUCKET-NAME>>/*"
      ],
      "Condition": {
        "StringNotEquals": {
          "aws:SourceVpce": [
            "<<VPC-ENDPOINT-ID>>"
          ]
        }
      },
      "Principal": "*"
    }
  ]
}

{
  "Id": "VPCe",
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Sid": "VPCe",
      "Effect": "Deny",
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::<<S3-BUCKET-NAME>>",
        "arn:aws:s3:::<<S3-BUCKET-NAME>>/*"
      ],
      "NotAction": [
        "s3:ListBucket",
        "s3:ListAllMyBuckets"
      ],
      "Condition": {
        "StringNotEquals": {
          "aws:SourceVpce": [
            "<<MY-ENDPOINT-ID>>"
          ]
        }
      },
      "Principal": "*"
    }
  ]
}

{
    "Version": "2012-10-17",
    "Statement": [
        {
            "Effect": "Allow",
            "Principal": "*",
            "Action": "*",
            "Resource": [
                "arn:aws:s3:::Bucket-AAAA/*",
                "arn:aws:s3:::Bucket-AAAA"
            ]
        }
    ]
}

https://yohei-a.hatenablog.jp/entry/20201222/1608602963

{
    "Version": "2012-10-17",
    "Statement": [
        {
            "Effect": "Allow",
            "Principal": "*",
            "Action": "s3:*",
            "Resource": "*",
            "Condition": {
                "StringEquals": {
                    "s3:ResourceAccount": [
                        "012345678901",
                        "123456789012"
                    ]
                }
            }
        }
    ]
}

インターネットにアクセスせずに自分の AL1 または AL2 EC2 インスタンスで yum を更新する

{
    "Version": "2012-10-17",
    "Statement": [
        {
            "Effect": "Allow",
            "Principal": "*",
            "Action": "s3:*",
            "Resource": "*",
            "Condition": {
                "StringEquals": {
                    "s3:ResourceAccount": [
                        "012345678901",
                        "123456789012"
                    ]
                }
            }
        },
        {
          "Principal": "*",
          "Action": [
            "s3:GetObject"
          ],
          "Effect": "Allow",
          "Resource": [
            "arn:aws:s3:::amazonlinux.*.amazonaws.com/*",
            "arn:aws:s3:::amazonlinux-2-repos-*/*"
          ]
        }
    ]
}

https://iret.media/62629

以下のみに限定する設定

• アカウントAのVPCエンドポイントを経由している
• 特定のパブリックIP
• AWSのサービス

{
    "Version": "2012-10-17",
    "Statement": {
        "Effect": "Deny",
        "Action": "*",
        "Resource": "*",
        "Condition": {
            "StringNotEquals": {
                "aws:SourceVpce": [
                    "vpce-xxxxxxx"
                ]
            },
            "NotIpAddress": {
                "aws:SourceIp": [
                    "x.x.x.x/32"
                ]
            },
            "Bool": {
                "aws:ViaAWSService": "false"
            }
        }
    }
}

• VPCエンドポイント構成でS3バケットへのアクセスを制限するには？ - サーバーワークスエンジニアブログ
• アクセス制御を厳格に行っている環境からのs3利用 | BLOG - DeNA Engineering